genomoncology/biomcp
BioMCP: Biomedical Model Context Protocol
BioMCP – 생물의학적 증거를 위한 통합 명령줄 인터페이스
소개 – BioMCP는 단일 바이너리 CLI(및 MCP Model-Context-Protocol 서버)로, PubMed, ClinVar, ClinicalTrials.gov, OncoKB, Reactome 등 약 30개의 신뢰할 수 있는 생물의학 데이터 소스를 간결하고 일관된 명령 문법을 통해 쿼리할 수 있게 해줍니다. 동일한 바이너리를 로컬에서 실행하거나, Docker 컨테이너 내에서 구동하거나, Claude Code, Codex 또는 Claude Desktop과 같은 AI 어시스턴트 도구를 위한 HTTP/MCP 서버로 노출할 수 있습니다.
중요성 – 연구자와 임상의는 일반적으로 각각 고유한 식별자와 쿼리 구문을 가진 수십 개의 API를 조합해야 합니다. BioMCP는 이러한 복잡성을 해결합니다. search, get 또는 pivot 명령 하나로 적절한 업스트림 서비스에 접근하고, 결과를 중복 제거하며, 간결하고 출처가 명확한 JSON 또는 사람이 읽을 수 있는 표를 반환합니다. 또한 이 도구에는 AI 에이전트가 자동으로 호출할 수 있는 skills(미리 작성된 단계별 워크플로우)가 포함되어 있습니다.
핵심 기능
| 기능 | 사용 방법 | 예시 |
|---|---|---|
| 통합 문헌 검색 | search article (또는 search all)은 PubTator3, Europe PMC, PubMed 및 선택적으로 Semantic Scholar에 요청을 분산하고 PMID/DOI를 중복 제거합니다. |
biomcp search article -g BRAF --limit 5 |
| 교차 엔티티 피벗 | 필터를 다시 작성할 필요 없이 유전자 → 변이 → 약물 → 임상시험으로 이동할 수 있습니다. | biomcp gene drugs BRAF |
| 가이드형 "스킬" | 미리 작성된 조사 파이프라인 카탈로그(예: "variant-oncokb", "disease-trials"). | biomcp skill list → biomcp skill variant-oncokb |
| 로컬 연구 분석 | cBioPortal 스타일의 데이터셋을 다운로드하고 코호트, 생존율 또는 공존 분석을 실행하며 터미널 내에서 SVG/PNG 차트를 생성합니다. | biomcp study download msk_impact_2017 |
| 유전자 세트 농축 분석 | g:Profiler(또는 섹션 수준 농축을 위한 Enrichr)의 원라이너 래퍼. | biomcp enrich BRAF,KRAS,NRAS --limit 10 |
| 배치 및 스트리밍 | 단일 명령으로 최대 10개의 get 호출 가능; 다수의 동시 작업자를 위한 HTTP 스트리밍 서버. |
biomcp batch gene BRAF,KRAS,NRAS --json |
| AI 에이전트 통합 | Claude Code, Codex 또는 Claude Desktop이 도구로 호출할 수 있는 MCP 서버(biomcp serve 또는 serve-http)를 노출합니다. |
codex mcp add biomcp -- biomcp serve |
설치 경로(택 1)
- 바이너리 스크립트 –
curl -fsSL https://biomcp.org/install.sh | bash - Python 도구 (uv/pip 경유) –
uv tool install biomcp-cli(biomcp바이너리를~/.local/bin에 설치) - Homebrew –
brew tap genomoncology/biomcp && brew install biomcp - Docker –
docker run --rm ghcr.io/genomoncology/biomcp <command> - 소스에서 설치 –
make install(Rustnextest테스트 및 Python 문서 계약 검사 실행)
일반적인 워크플로우 (CLI)
# 빠른 상태 확인
biomcp health --apis-only
# 흑색종에서 BRAF에 대한 모든 정보 탐색
biomcp search all --gene BRAF --disease melanoma --counts-only
# 경로 및 단백질 발현 심층 분석
biomcp get gene BRAF pathways hpa
# ClinVar 및 gnomAD에서 변이 증거 추출
biomcp get variant "BRAF V600E" clinvar population
# 유전자 세트 농축
biomcp enrich BRAF,KRAS,NRAS
동일한 시퀀스를 LLM 기반 어시스턴트로부터의 MCP 호출로 표현할 수 있으며, 모델은 추론에 집중하고 BioMCP는 사실 기반의 증거를 제공합니다.
대상 사용자
- 생물의학 연구자: 여러 데이터베이스에 걸쳐 신속하고 재현 가능한 증거 표가 필요한 분.
- 임상의: 개별 웹 포털을 오갈 필요 없이 변이, 약물 또는 임상시험 정보를 얻고자 하는 분.
- AI 어시스턴트 개발자: Claude, Codex 또는 기타 LLM 에이전트에서 호출할 수 있는 결정론적이고 출처가 명확한 도구를 찾는 분.
- 데이터 분석가: 공개 연구 데이터셋(cBioPortal 스타일)을 다운로드하고 터미널에서 빠른 코호트 시각화를 수행하고자 하는 분.
제한 사항 및 주의 사항
- 대부분의 명령은 API 키 없이 작동하지만, 높은 속도 제한이나 특정 데이터(Semantic Scholar TL-DR, OpenFDA, OncoKB 등)는 적절한 환경 변수 설정이 필요합니다.
- 업스트림 소스의 라이선스를 존중합니다. BioMCP는 데이터를 재배포하지 않으며, 일부 제공자(KEGG, COSMIC)는 읽기 전용의 간접적인 방식으로만 이용 가능합니다.
- HTTP MCP 서버는 프로세스 로컬 속도 제한을 공유합니다. 부하가 큰 병렬 워크로드의 경우 TLS 종료 프록시 뒤에서 공유
serve-http엔드포인트를 실행해야 합니다. biomcpPyPI 패키지는 공식 CLI가 아닙니다. 대신biomcp-cli를 설치하십시오.
커뮤니티 및 지원
- 문제 및 기능 요청 – https://github.com/genomoncology/biomcp/issues
- 전체 문서 – https://biomcp.org/
- 데모 영상 – St. Jude’s 2025 BioHackathon 발표 (README 내 YouTube 링크).
- 인용 – 출판물에서 이 도구를 사용할 경우 제공된
CITATION.cff를 사용하십시오.
요약
BioMCP는 간결하고 일관된 CLI 문법과 MCP 서버 인터페이스를 갖춘 단일 바이너리 교차 소스 생물의학 쿼리 엔진입니다. 인간과 LLM 에이전트가 수십 개의 신뢰할 수 있는 데이터베이스에서 문헌, 변이, 약물, 임상시험, 경로 등을 가져오고, 쿼리를 다시 작성할 필요 없이 엔티티 간을 피벗하며, 로컬 연구 분석까지 수행할 수 있게 합니다. 이 모든 것을 각 업스트림 API를 학습할 필요 없이 가능하게 합니다.
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