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BioMCP: Biomedical Model Context Protocol

What it solves

BioMCP는 PubMed, ClinVar, OncoKB 등 약 30개의 신뢰할 수 있는 바이오메디컬 소스에 대해 여러 API, 식별자, 검색 습관을 오가며 사용할 필요 없이 통합 인터페이스를 제공하여 접근 및 질의를 가능하게 합니다. 연구자와 임상의가 유전자, 변이, 약물, 질병, 단백질에 대한 증거를 수집하는 과정을 단순화합니다.

How it works

단일 CLI 바이너리로 동작하며 일관된 명령 문법을 제공합니다. 독립 실행형 도구로 사용할 수도 있고, MCP(Model Context Protocol) 서버로도 활용할 수 있어 Claude Code, Codex와 같은 AI 에이전트가 이 바이오메디컬 도구에 직접 접근할 수 있습니다. 시스템은 관련 엔터티 간 "피벗"을 지원합니다(예: 유전자에서 해당 임상 시험으로 이동) 및 선택 가능한 섹션을 통해 집중된 출력을 제공합니다.

Who it’s for

바이오메디컬 연구자, 임상의, 그리고 공개 바이오메디컬 데이터에서 증거 중심 결과를 효율적으로 가져와 cBioPortal 스타일의 로컬 데이터셋에 대한 연구 분석을 수행하려는 AI 에이전트 개발자를 위한 솔루션입니다.

Highlights

  • Unified Access: PubMed, ClinVar, ClinicalTrials.gov 등 약 30개의 소스에 하나의 문법으로 접근.
  • MCP Server Integration: Model Context Protocol을 통한 AI 에이전트 네이티브 지원.
  • Cross-Entity Pivoting: 필터를 재구성하지 않고도 유전자, 변이, 약물, 질병 간을 빠르게 전환.
  • Local Study Analytics: 코호트, 생존, 동시 발생 쿼리와 SVG/PNG 차트 생성을 위한 내장 도구.
  • Evidence Mapping: 인용, 참고문헌, 추천을 통해 논문 흐름을 추적.