scverse/rapids-singlecell
rapids-singlecell: GPU-accelerated framework for scRNA analysis
何を解決するか
大規模な単細胞データセットの分析におけるパフォーマンスのボトルネックに対処し、一般的な分析ワークフローをCPUからGPUに移行することで、計算を大幅に高速化します。
動作方法
このライブラリはAnnDataを最優先とするAPIを使用し、CuPyおよびNVIDIA RAPIDSを活用してGPU上で計算を実行します。Scanpy APIとほぼ完全に互換性があるように設計されており、コードの大幅な変更なしにワークフローをGPU加速に移行できます。
対象ユーザー
大規模なデータセットをより効率的に処理したい単細胞解析に従事する研究者やデータサイエンティスト
特徴
- GPU加速:
AnnDataを使用して一般的な単細胞ワークフローを高速化 - エコシステム互換性: Scanpy、Squidpy、decoupler、pertpy と統合され、互換性を維持
- インストールの容易さ: PyPIおよびCondaから簡単にインストール可能
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