scverse/scanpy

何を解決するか

Scanpyは、100万セルを超える複雑な生物学的データセットを処理・理解できる、スケーラブルな単細胞遺伝子発現データ分析手法を提供します。

仕組み

anndataと共同開発されたこのツールキットは、生物学的データ分析のPythonベースのパイプラインを実装しています。大規模データセットを効率的に処理でき、システムメモリに収まらないデータセットに対してdaskとの実験的互換性も提供しています。

対象ユーザー

単細胞オミクスデータを扱い、前処理、クラスタリング、経路推定に必要なツールを必要とする科学者や研究者向けです。

特徴

• 100万セルを超えるデータセットに対するスケーラブルな処理。
• 前処理、可視化、クラスタリング、経路推定、差分発現検定を含む包括的な分析スイート。
• データ処理用の anndata 形式との統合。
• メモリ不足のデータセットを処理するためのdaskへの実験的サポート。