scverse/pertpy
Single-cell perturbation analysis
解決する課題
大規模なシングルセル摂動実験の分析を簡素化し、研究者が薬物治療、遺伝子改変、環境変化などのさまざまな刺激に対する細胞の反応を理解できるようにします。
仕組み
以下のツールを含むエンドツーエンドのフレームワークを提供します：
- 摂動データセットの調和。
- メタデータアノテーションの自動化。
- 異なる刺激間の類似性を測定するための摂動距離の計算。
- 差異遺伝子発現分析の実行。
対象者
細胞摂動の影響を研究するためにシングルセルデータを扱う生物学者およびデータサイエンティスト。
ハイライト
- scverse エコシステムの一部。
- pydeseq2 や edgeR など、差異遺伝子発現のための複数のソルバーをサポート。
- 高度な分析のために tascCODA や milo と統合。
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