scverse/pertpy

解決する課題

Pertpy は、大規模なシングルセル摂動実験を解析するための標準化されたフレームワークを提供します。データセットの調和やメタデータの自動アノテーションを行うツールを提供することで、薬物治療、遺伝子改変、環境変化といった様々な刺激に対して細胞がどのように応答するかを理解する複雑なプロセスを簡素化します。

仕組み

このライブラリは、摂動距離の計算や細胞応答の解析ツールを含む、摂動解析のためのエンドツーエンドのパイプラインを提供します。複数の専門的なツールやソルバーを統合しており、scCODA、CINEMA-OT、scGen といった高度なモデル向けに JAX ベースのコンポーネントをオプションで利用できるほか、差分遺伝子発現解析や tascCODA 用の専用インターフェースも備えています。

対象ユーザー

生物学的摂動の影響を研究するためにシングルセルデータを使用する研究者やバイオインフォマティシャン向けに設計されています。

主な特徴

• エンドツーエンドのフレームワーク: データ調和から応答解析まで、プロセス全体をカバーします。
• 多様な刺激への対応: 遺伝的、化学的、環境的な変化に対する応答を解析します。
• 自動アノテーション: 摂動メタデータのラベル付けと整理プロセスを簡素化します。
• 拡張可能なエコシステム: scverse プロジェクトの一部であり、他のシングルセル解析ツールとの互換性が確保されています。