scverse/spatialdata

解決的問題

SpatialData 提供了一個通用的資料框架，用於處理空間體組學資料。它解決了管理單模態與多模態資料集的挑戰，這些資料集結合了生物資訊與空間座標，確保這些資料集能在不同軟體函式庫與程式語言之間一致地進行處理與分析。

工作原理

它作為一個整合的資料框架、模式與序列化格式運作。儲存格式建立於 OME-NGFF 規格之上，支援高效能的存取與操作。生態系包含專門用於載入資料（spatialdata-io）、靜態繪圖（spatialdata-plot），以及透過 napari 插件進行互動式探索的專用函式庫。

適用對象

需要在 Python、R 與 JavaScript 中以標準化方式儲存、操作與分析複雜生物資料集的空間體組學資料研究人員與開發者。

主要亮點

• 空間體組學的通用模式與序列化格式。
• 支援多模態資料。
• 在 Python、R 與 JavaScript 中均有實作，具備跨語言相容性。
• 與 OME-NGFF 規格整合，實現高效資料儲存。