scverse/scanpy

解決的問題

Scanpy 提供了一種可擴展的方式來分析單細胞基因表現數據，使研究人員能夠處理並理解超過一百萬個細胞的複雜生物數據集。

工作原理

與 anndata 聯合開發，該工具包實現了基於 Python 的生物數據分析流程。它能高效處理大規模數據集，並提供對 dask 的實驗性支援，以處理超出系統記憶體的數據集。

適用對象

專為需要進行預處理、聚類和軌跡推斷的單細胞多組學數據研究人員與科學家設計。

主要亮點

• 支援超過一百萬個細胞的數據集的可擴展處理。
• 包含預處理、可視化、聚類、軌跡推斷和差異表現檢測的完整分析套件。
• 與 anndata 格式整合，用於資料處理。
• 對 dask 提供實驗性支援，以處理記憶體不足的數據集。