scverse/pertpy
Single-cell perturbation analysis
解決的問題
它簡化了大規模單細胞擾動實驗的分析，讓研究人員能夠了解細胞如何對各種刺激做出反應，例如藥物治療、基因修飾和環境變化。
運作方式
它提供了一個端到端的框架，包含以下工具：
- 協調擾動資料集。
- 自動化元資料標註。
- 計算擾動距離以衡量不同刺激之間的相似度。
- 執行差異基因表現分析。
適用對象
從事單細胞資料研究以探討細胞擾動影響的生物學家和資料科學家。
亮點
- scverse 生態系統的一部分。
- 支援多種用於差異基因表現的求解器，包括 pydeseq2 和 edgeR。
- 與 tascCODA 和 milo 整合以進行進階分析。
相關
- 專案
- 專案
- 專案
- 專案
- 專案