immunomind/immunarch

解決的問題

immunarch 是一個用於分析適應性免疫受體譜（AIRR）資料的工具包。它解決了處理龐大、多模態免疫分析資料（例如單細胞V(D)J、空間轉錄體學與臨床元資料）的挑戰，以提取有意義的生物學洞見與生物標記物，用於個人化免疫療法與疫苗研發。

工作原理

此套件提供一個基於R的模組化流程，用於計算受體與譜層級的統計資料。它利用 immundata 處理超出系統記憶體的資料集，使相同程式碼可在本機或伺服器上執行。該工具包包含多樣性分析、克隆性分析與公開受體指數工具，並提供擴充API與適配器，以與其他AIRR工具互通。

適用對象

專為分析T細胞與B細胞免疫譜，以發現生物標記物並設計個人化醫療方案的生物資訊學研究人員與臨床醫師設計。

主要亮點

• 多模態分析： 整合單細胞、空間與免疫原性註解。
• 可擴展性： 無需變更程式碼即可處理從千兆位元組到太位元組規模的資料集。
• 機器學習就緒： 為後續機器學習與深度學習模型建構特徵表。
• 全面的統計功能： 內建基因使用率、多樣性（Pielou、Shannon、Chao1）與克隆性（prop）分析函數。