a-r-j/graphein

What it solves

Graphein 是一个设计用于桥接原始生物分子数据与幾何深度學習的函式庫。它简化了將複雜的生物結構——例如蛋白質、RNA 和分子交互作用網絡——轉換為可用於機器學習模型輸入的圖形表示法的過程。

How it works

該函式庫提供了一套工具，可將來自各種來源（如 PDB codes、SMILES strings 或 AlphaFold2 structures）的生物數據轉換為幾何表示法。它支持多種粒度層級，包括殘基級別（residue-level）和原子級別（atomic-level）的圖形，以及蛋白質網格（protein meshes）。它還處理交互作用網絡的構建，例如蛋白質-蛋白質交互作用（PPI）圖形和基因調節網絡（GRN）。

Who it’s for

它主要針對在生物資訊學、結構生物學和幾何深度學習領域工作的研究人員和開發人員，他們需要為訓練和評估 AI 模型而準備生物數據。

Highlights

• Multi-modal biological support: Handles proteins, RNA, and small molecules.
• Deep learning integration: Provides ready-to-go dataloaders for PyTorch Geometric.
• Flexible API: Offers both a programmatic Python API and a command-line interface (CLI) for batch processing.
• Diverse graph types: Supports residue-level graphs, atomic graphs, protein meshes, and protein-protein interaction (PPI) and gene regulatory networks (GRN).",