ClawBio/ClawBio

What it solves

ClawBio 提供一套標準化、可重現的方式，使用 AI 代理執行生物資訊工作流程。它解決了「隨機」AI 產生程式碼的問題——LLM 可能會產生過時的指引或錯誤的基因分類——透過將即興程式碼生成換成「技能」庫：具版本化、規格限制的合約，確保領域專業知識被正確且可重現地執行。

How it works

ClawBio 實作「規格優先」架構。系統不依賴 LLM 即興組合管線，而是使用一組自包含的技能庫。每個技能由宣告式規格 (SKILL.md)、已驗證的 Python 程式碼與示範資料組成。當代理（如 Claude 或 ChatGPT）呼叫技能時，會遵循專家定義的合約，而非從訓練資料即興產生。為確保科學嚴謹，專案提供驗證基礎設施，包括真實基準、離線測試的 mock API 伺服器，以及每次執行的可重現性套件（包含指令、環境快照與雜湊值）。

Who it’s for

此工具設計給生物資訊學者、遺傳研究者與臨床醫師使用，他們需要執行複雜的基因組分析——如藥物基因體分析、GWAS 查詢與變異註解——並保證結果可重現且符合最新科學指引。

Highlights

• Extensive Skill Library: 包含 94 個技能，涵蓋個人基因組（例如 PharmGx Reporter）、族群遺傳學（例如 GWAS Lookup、Ancestry PCA）與臨床報告。
• Local-first Privacy: 基因資料預設在使用者本機分析，以維護隱私。
• Reproducibility Bundles: 匯出重放中繼資料，包含 shell 指令與環境快照，讓執行可在未使用原始 AI 會話的情況下重新驗證。
• Agent-Agnostic: 可跨不同 LLM（Claude、ChatGPT、Ollama）使用，因為邏輯與模型權重解耦。
• Integrated Benchmarking: 提供系統化驗證套件，使用阿茲海默症等疾病的真實資料評分基因回收率與精確度。