GPT-Rosalind 更新:增強生命科學能力與研究工具

GPT-Rosalind 更新:增強生命科學能力與研究工具

OpenAI 已發布 GPT-Rosalind 系列的模型更新,該模型專為企業規模生命科學研究設計。此更新將 GPT-5.5 的具代理能力編碼和工具使用能力與核心藥物發現領域(包括基因組學和醫藥化學)的增強智能結合,以提升分析、設計和實驗工作流程的性能。

生命科學研究的性能提升

GPT-Rosalind 在涉及定量生物學、複雜醫藥化學查詢和濕實驗故障排除的研究任務上展現了廣泛的性能提升。為了衡量這些提升,OpenAI 開發了 LifeSciBench,這是一個由外部專家評判的基準,用於評估六個關鍵領域的端到端科學工作流程:

  • 證據處理
  • 分析
  • 設計與優化
  • 科學推理
  • 驗證與運營
  • 翻譯與溝通

醫藥化學

使用 MedChemBench 評估(涵蓋多模態化學結構理解、結構-活性關係(SAR)、ADME 預測(吸收、分佈、代謝、排泄)、先導優化和逆向合成),GPT-Rosalind 的得分為 27.5%,高於 GPT-5.5 的 25.1%,同時使用的 token 數減少了 7.2%。

基因組學與定量生物學

GeneBench 上,這是一個專注於蛋白質組學、表觀基因組學、空間轉錄組學和功能基因組學的長距離端到端分析的具代理能力評估,GPT-Rosalind 達到 21.6% 的準確率(而 GPT-5.5 為 20.4%),同時使用的 token 數減少了 31%。

濕實驗協助

OpenAI 推出 LabWorkBench 來測試模型在真實濕實驗協議中將擾動與實驗結果關聯的能力。GPT-Rosalind 得分 63.2%,顯著高於 GPT-5.5 的 55.8%,同時 token 使用量減少了 5.3%。

整合研究工作流程與工具

為了從模型推理過渡到執行的工作流程,OpenAI 已透過 Codex 發布兩個可存取的插件:

  • 生命科學研究插件: 提供有來源的證據檢索和生物學解釋。
  • 生命科學 NGS 分析插件: 使能生物信息學執行,例如將處理過的 ctDNA 記錄轉換為互動式筆記本,或將 10x 風格的矩陣束轉換為經 QC 過濾的單細胞產物和 UMAP。

這些插件得到了新增的互動式檢視器支援,適用於生物本地檔案類型,包括序列、比對和結構檢視器,使研究人員能直接在工作區內檢查證據(例如突變殘基或抑制劑結合口袋)。

部署與企業存取

GPT-Rosalind 透過受信任的存取部署結構,向全球符合資格的組織提供研究預覽版。此存取僅限於進行合法科學研究、具有明確公共利益、強大治理以及企業級安全的組織。

作為此推出的一部分,OpenAI 正與 Novo Nordisk 合作,以擴大醫學研究,利用 GPT-Rosalind 連接文獻、基因組學、轉錄組學和實驗結果中的證據,以加速藥物發現。

"生命科學研究複雜、數據豐富且跨學科。為了為研究人員提供有意義的價值,先進的 AI 模型必須建立在可信的科學數據之上,連接到經過驗證的工具,並融入研究人員每日使用的真實世界工作流程。" — Mishal Patel,AI 與數位創新群副總裁,研發 - Novo Nordisk

未來方向

OpenAI 計畫繼續提升 GPT-Rosalind 的生物推理能力及對長距離研究工作流程的支援。該模型的能力正被應用於高影響力的公共利益工作,包括轉化醫學、公共衛生和生物防禦,透過 Rosalind Biodefense 計畫。

Sources