openslide/openslide-python

它解决了什么问题

数字病理学中使用的全切片图像（虚拟切片）非常大——未压缩时通常有数十 GB——并且通常以多种分辨率存储。标准成像工具和库假设整个图像可以轻松放入内存，因此它们无法处理这些文件。OpenSlide Python 提供了一种简单的方法，只需读取您需要的图像数据的小部分，以最接近所需缩放级别的分辨率，而无需加载整个图像。

它是如何工作的

OpenSlide Python 是 OpenSlide C 库的 Python 接口。C 库为各种全切片格式提供了核心读取和解码逻辑。Python 包装器通过一个干净的 API 公开了此功能，您可以直接在 Python 代码中使用。要使用它，您需要同时安装 openslide-python 包（Python 接口）和 openslide-bin（捆绑了底层 OpenSlide 库及其依赖项）。安装后，您可以打开支持的切片文件，并在各种缩放级别访问图块或区域。

适用人群

该库面向处理数字病理图像的开发人员和研究人员，例如，构建用于查看、分析或处理全切片扫描的工具。对于任何需要在 Python 中以编程方式读取大型多分辨率切片文件而无需编写低级 C 代码的人来说，它尤其有用。

亮点

• 支持广泛的全切片格式，包括 Aperio (.svs)、Hamamatsu (.ndpi)、Leica (.scn)、Philips (.tiff) 和通用平铺 TIFF。
• 提供简单的 Python API，抽象了处理多分辨率、多 GB 图像的复杂性。
• 允许您以最接近所需缩放级别的分辨率读取小区域，从而避免将整个文件加载到内存中。
• 仅需要 Python ≥ 3.10、OpenSlide ≥ 3.4.0 和 Pillow，并且可以从 PyPI 轻松安装。