oncologylab/histopia

解决的问题

Histopia 是一个用于分析组织学图像的工具包，特别关注组织的空间结构。它解决了多个连续切片组织的对齐、染色定量以及从二维图像重建三维空间拓扑结构的问题。

工作原理

该项目提供了一系列模块化的工作流程，用于不同的分析任务。它使用注册工具进行组织掩膜生成和连续切片对齐，使用专门工具进行显色染色定量和细胞分割，使用蛋白质表达模型进行蛋白质预测。此外，它还生成组织学嵌入，以创建组织区域的语义图谱。

适用人群

需要处理组织学切片并进行空间组学分析和切片间对齐的病理学和肿瘤学研究人员。

主要亮点

• 连续切片对齐：用于对齐多个组织切片以创建连贯的空间视图的工具。
• 蛋白质预测：从组织学图像预测蛋白质表达的模型。
• 蛋白质可视化：能够创建细胞级别的蛋白质图谱。
• 语义图谱：生成组织学嵌入以识别组织区域。
• 细胞分割：用于定义细胞边界和合并分割结果的工具。