oncologylab/histopia

解决的问题

Histopia 解决了连续切片组织学和蛋白质组学图像分析的复杂性。它提供工具以对齐多个组织切片，分割这些切片上的形态结构，并在三维空间中重建组织，以理解空间拓扑结构和组学特征。

工作原理

该软件实现了一个多阶段的组织分析流程：

• 配准（Registration）： 使用混合仿射配准、群体感知组织掩膜和质量控制（QC）检查来对齐连续切片。
• 语义图谱（Semantic Atlas）： 使用 UNI2-h 形态区域进行全局形态拟合，并评估横截面间的拓扑结构。
• 语义拓扑（Semantic Topology）： 创建组织包络和语义表面，构建具有明确物理z间距的连通体积重建。
• 染色分析（Stain Profiling）： 计算各种染色（如 H-DAB、Sirius Red 和 PAS）的相对光密度，并进行背景校正。
• 可视化（Visualization）： 提供交互式 3D 查看器，用于组织学和染色堆栈，支持链接的 ROI 探针和原生分辨率视图。
• QuPath 集成（QuPath Integration）： 提供扩展功能，可直接从 QuPath 启动配准和语义任务，使用 GeoJSON 区域和原生 WSI 坐标。

适用人群

专为处理连续切片组织学和蛋白质组学成像的计算研究人员设计，需要重建三维组织结构并进行定量染色分析。

主要亮点

• 交互式 3D 重建： 在 3D 中可视化组织学、语义和染色堆栈。
• 硬件加速： 支持 CPU、CUDA 和 MPS 用于特征提取。
• 缓存与完整性： 使用带校验和的缓存和指纹技术，确保掩膜或几何结构的更改会无效化受影响的结果。
• QuPath 扩展： 与流行的开源生物图像分析软件 QuPath 无缝集成。