jensengroup/propka

What it solves

PROPKA 可以预测蛋白质及蛋白质-配体复合物中可电离基团的 pKa 值。这对于根据 3D 结构理解蛋白质的化学环境与反应性至关重要。

How it works

它使用经验法计算方法来预测 pKa 值，并将其中的 3D 结构纳入考量。它提供了一个 Python 模块和一个命令行工具 (propka3)，可以处理 PDB 文件以生成这些预测结果。

Who it’s for

需要确定蛋白质结构中可电离基团 pKa 值的生物化学、结构生物学及计算化学研究人员。

Highlights

• 支持蛋白质单独和蛋白质-配体复合物。
• 可作为 Python 模块或命令行工具使用。
• 基于经过同行评审的经验算法，用于对内部和表面残基进行一致性处理。