immunomind/immunarch

解决的问题

immunarch 是一个用于分析适应性免疫受体谱（AIRR）数据的工具包。它解决了处理大规模、多模态免疫谱数据（如单细胞V(D)J、空间转录组学和临床元数据）的挑战，以提取有意义的生物学见解和生物标志物，用于个性化免疫疗法和疫苗研发。

工作原理

该包提供了一个基于R的模块化流水线，用于计算受体和谱水平的统计信息。它利用 immundata 处理超出系统内存的数据集，使得相同代码可在本地机器或服务器上运行。该工具包包含多样性分析、克隆性分析和公共受体指数工具，并提供扩展API和适配器，以与其他AIRR工具互操作。

适用人群

专为分析T细胞和B细胞免疫谱以发现生物标志物并设计个性化医疗方案的生物信息学研究人员和临床医生设计。

主要亮点

• 多模态分析： 集成单细胞、空间和免疫原性注释。
• 可扩展性： 无需更改代码即可处理从千兆字节到太字节规模的数据集。
• 机器学习就绪： 为下游机器学习和深度学习模型构建特征表。
• 全面的统计功能： 内置基因使用率、多样性（Pielou、Shannon、Chao1）和克隆性（prop）分析函数。