HannesStark/boltzgen

解决的问题

BoltzGen 是一个蛋白质设计流程，能为特定目标（包括其他蛋白质或小分子）生成高质量的结合剂（蛋白质、肽、抗体与纳米抗体）。它自动化了创建能以高亲和力与稳定性结合目标结构的新氨基酸序列的过程。

运作方式

BoltzGen 使用多步骤流程，从目标规格转换为排序后的候选设计集：

1. 设计 (Design)：扩散模型根据 YAML 设计规格生成骨架候选。
2. 反向折叠 (Inverse Folding)：使用 SolubleMPNN 或 BoltzIF 等模型进行序列重新设计，以确定这些骨架的最佳氨基酸序列。
3. 折叠 (Folding)：使用 Boltz-2 模型将设计出的结合剂与其目标进行重新折叠，以验证结构稳定性。
4. 分析与筛选 (Analysis & Filtering)：流程计算质量指标并筛选设计，提供最终且多样性优化的排序候选集。

适用对象

专为计算生物学家、蛋白质工程师以及从事药物开发或合成生物学的研究人员设计，他们需要为特定生物目标生成新型结合剂。

特点

• 多功能协议：针对蛋白质、环状肽、抗体、纳米抗体与小分子结合剂的专用工作流程。
• 灵活的规格：支持针对目标链、特定结合位点、二级结构约束与二硫键的详细 YAML 配置。
• 对称性支持：能够为同源二聚体等对称复合物链接序列生成。
• 整合验证：将骨架生成、序列重新设计与重新折叠整合为单一可执行流程。
• 可自定义筛选：允许用户快速以不同阈值重新执行筛选步骤，以精炼最终设计集。