welch-lab/liger

해결하는 문제

LIGER는 실험적 배치, 개체, 성별, 조직, 종, 또는 모달리티(예: RNA-seq, ATAC-seq, DNA 메틸화 등)의 차이가 있는 여러 단세포 데이터셋을 통합하고 분석하는 문제에 대응합니다.

작동 방식

이 프로젝트는 통합적 비음수 행렬 분해(iNMF)를 사용하여 다양한 데이터 소스 간에 공유되는 요인과 데이터셋 고유의 요인을 식별합니다. 신뢰도가 높은 결과를 위해 Consensus iNMF와 바이오로지컬 정보 보존을 위한 중심점 정렬 기법을 포함합니다.

대상 사용자

다양한 생물학적 데이터셋 간에 세포 유형을 정의하고 특징을 비교하는 단세포 다오믹스 통합 및 분석을 수행하는 연구자들을 위한 것입니다.

주요 특징

• 다양한 모달리티(scRNAseq, 공간 전사체학, scMethylation, scATAC-seq) 간의 통합을 지원합니다.
• 이종 간 분석(예: 마우스와 인간)이 가능합니다.
• t-SNE 및 UMAP를 통한 클러스터링, 유전자 마커 식별, 시각화 도구를 제공합니다.
• 기존 단세포 분석 패키지인 Seurat과의 인터페이스를 제공합니다.