wasserth/TotalSegmentator

해결하는 문제

방사선사와 연구자는 CT 및 MRI 스캔에서 장기, 뼈, 혈관 및 기타 구조를 수동으로 추적하는 데 많은 시간을 소비합니다. TotalSegmentator는 이 단계를 자동화합니다: 스캔을 입력하면 다양한 해부학적 클래스에 대한 레이블이 지정된 분할(3D 마스크)을 출력하여 수시간의 작업을 절약하고 장기 부피나 혈관 직경과 같은 측정을 빠르고 재현 가능하게 만듭니다.

작동 방식

TotalSegmentator는 서로 다른 스캐너와 병원에서 얻은 대규모의 다양한 CT 및 MR 이미지로 훈련된 심층 신경망(구체적으로 nnU-Net 프레임워크 기반)을 사용합니다. 명령줄 도구로 실행합니다: 입력 스캔(NIfTI 파일 또는 DICOM 슬라이스의 폴더/ZIP)과 출력 폴더를 제공하면 분할된 구조당 하나의 NIfTI 파일(또는 원하는 경우 단일 레이블 파일)을 작성합니다. 여러 작업별 모델을 지원합니다: 기본 'total' 작업은 CT의 117개 클래스를, 'total_mr'은 MR의 50개 클래스를 다룹니다. 또한 특정 해부학(예: 폐 혈관, 척추뼈, 간 분절, 치아, 뇌 구조)을 위한 많은 하위 작업과 빠른 모드(낮은 해상도, 더 빠름), ROI 하위 집합 선택(선택한 클래스만 분할), 통계 생성(부피, 평균 강도, 방사선 특징), 스캔에서 키, 몸무게, 나이, 성별 예측과 같은 선택적 기능이 있습니다.

대상 사용자

이 도구는 의료 CT 또는 MR 이미지를 다루는 모든 사람을 대상으로 합니다: 방사선사, 임상 연구자, 의학 물리학 직원, 또는 의료 영상 파이프라인을 구축하는 소프트웨어 개발자. Ubuntu, Mac, Windows에서 작동하며 CPU 또는 GPU에서 실행할 수 있습니다. 많은 작업에 대해 Apache-2.0 라이선스 하에 학술 및 비상업적 용도로 무료입니다(일부 고급 작업은 별도 라이선스가 필요하며 무료 학술 라이선스 제공). 참고: 저자는 이것이 의료 기기가 아니며 단독으로 임상 사용을 위한 것이 아니라고 명시하지만, FDA 승인 제품의 구성 요소로 인증되었습니다.

주요 기능

• 기본 모델로 CT에서 117개 해부학적 클래스, MR에서 50개 분할
• 수십 가지 전문 하위 작업: 폐 혈관, 척추뼈, 간 분절, 치아, 뇌 구조, 관상동맥 등
• 구조별 NIfTI 마스크 또는 단일 레이블 맵, DICOM-SEG, DICOM RTSTRUCT 출력
• 통계(부피, 강도, 방사선 특징) 및 3D 미리보기 이미지 생성
• 정확도와 속도를 절충하는 빠른 모드 및 ROI 하위 집합 옵션
• 온라인 또는 totalseg_info를 통해 사용 가능한 구조 및 작업을 검색하는 도구 포함