pinellolab/DNA-Diffusion

🧬 Generative modeling of regulatory DNA sequences with diffusion probabilistic models 💨

What it works

DNA-Diffusion은 특정 세포 유형에 특이적인 합성 조절 DNA 서열을 생성하는 방법을 제공합니다. 이를 통해 연구자들은 특정 생물학적 맥락에서 실제 조절 요소의 특성을 모방하는 인공 DNA 요소를 생성할 수 있습니다.

Highlights

  • Cell-type specific generation: 특정 세포 유형(예: K562, HepG2)에 맞춤화된 서열을 생성할 수 있습니다.
  • Customizable data: 사용자가 제공하는 tab-separated DNA 서열 데이터셋으로 학습할 수 있습니다.
  • Flexible sampling: 생성 프로세스를 조정하기 위한 가이드 스케일 파라미터가 포함되어 있습니다.
  • Pre-trained models: Pre-trained 모델의 체크포인트를 Hugging Face를 통해 제공하여 즉시 서열 생성이 가능합니다.