openslide/openslide-python

해결하는 문제

디지털 병리학에서 사용되는 전체 슬라이드 이미지(가상 슬라이드)는 매우 커서 압축되지 않은 경우 수십 기가바이트에 달하며 일반적으로 여러 해상도로 저장됩니다. 표준 이미징 도구와 라이브러리는 전체 이미지가 메모리에 쉽게 들어갈 수 있다고 가정하므로 이러한 파일을 처리하지 못합니다. OpenSlide Python은 전체 이미지를 로드하지 않고 원하는 확대/축소 수준에 가장 가까운 해상도로 필요한 이미지 데이터의 작은 부분만 읽는 간단한 방법을 제공합니다.

작동 방식

OpenSlide Python은 OpenSlide C 라이브러리에 대한 Python 인터페이스입니다. C 라이브러리는 다양한 전체 슬라이드 형식에 대한 핵심 읽기 및 디코딩 로직을 제공합니다. Python 래퍼는 이 기능을 깔끔한 API를 통해 노출하므로 Python 코드에서 직접 사용할 수 있습니다. 사용하려면 openslide-python 패키지(Python 인터페이스)와 openslide-bin(기본 OpenSlide 라이브러리 및 해당 종속성을 번들)을 모두 설치해야 합니다. 설치하면 지원되는 슬라이드 파일을 열고 다양한 확대/축소 수준에서 타일이나 영역에 액세스할 수 있습니다.

대상 사용자

이 라이브러리는 디지털 병리 이미지로 작업하는 개발자와 연구자를 대상으로 합니다. 예를 들어 전체 슬라이드 스캔을 보기, 분석 또는 처리하는 도구를 구축하는 경우입니다. 특히 Python에서 대규모 다중 해상도 슬라이드 파일을 프로그래밍 방식으로 읽어야 하지만 저수준 C 코드를 작성하고 싶지 않은 사람에게 유용합니다.

주요 기능

• Aperio (.svs), Hamamatsu (.ndpi), Leica (.scn), Philips (.tiff) 및 일반 타일형 TIFF를 포함한 광범위한 전체 슬라이드 형식을 지원합니다.
• 다중 해상도, 다중 기가바이트 이미지 처리의 복잡성을 추상화하는 간단한 Python API를 제공합니다.
• 원하는 확대/축소 수준에 가장 가까운 해상도로 작은 영역을 읽을 수 있으므로 전체 파일을 메모리에 로드하지 않아도 됩니다.
• Python ≥ 3.10, OpenSlide ≥ 3.4.0 및 Pillow만 필요하며 PyPI에서 쉽게 설치할 수 있습니다.