oncologylab/histopia

해결하는 문제

Histopia는 조직학 이미지를 분석하기 위한 툴킷으로, 특히 조직의 공간적 구성에 초점을 맞춥니다. 여러 연속 섹션 조직의 정렬, 염색의 정량화, 2D 이미지에서 3D 공간적 토폴로지 재구성이라는 문제를 해결합니다.

작동 방식

이 프로젝트는 다양한 분석 작업을 위한 모듈식 워크플로우 세트를 제공합니다. 조직 마스킹 및 연속 섹션 정렬에 등록 도구를 사용하고, 색소 염색 정량 및 세포 세그멘테이션에 특화된 도구를 활용하며, 단백질 발현 모델을 통해 단백질 예측을 수행합니다. 또한 조직학 임베딩을 생성하여 조직 영역의 의미적 아틀라스를 만듭니다.

대상 사용자

조직학 슬라이드를 처리하고 공간 오믹스 프로파일링 및 섹션 간 정렬을 수행해야 하는 병리학 및 종양학 연구자들.

주요 기능

• 연속 섹션 정렬: 여러 조직 섹션을 정렬하여 일관된 공간적 시각을 생성하는 도구.
• 단백질 예측: 조직학 이미지에서 단백질 발현을 예측하는 모델.
• 단백질 시각화: 세포 단위의 단백질 아틀라스를 생성할 수 있는 기능.
• 의미적 아틀라스: 조직 영역을 식별하기 위한 조직학 임베딩 생성.
• 세포 세그멘테이션: 세포 경계를 정의하고 세그멘테이션 결과를 병합하는 도구.