immunomind/immunarch

해결하는 문제

immunarch는 적응 면역 수용체 아레이(AIRR) 데이터를 분석하기 위한 툴킷입니다. 단세포 V(D)J, 공간 전사체 분석, 임상 메타데이터와 같은 대규모 다중 모달 면역 프로파일링 데이터를 처리하는 도전 과제를 해결하여 개인 맞춤형 면역 요법 및 백신 개발을 위한 의미 있는 생물학적 통찰과 바이오마커를 추출합니다.

작동 방식

이 패키지는 수용체 수준 및 아레이 수준 통계를 계산하기 위한 모듈식 R 기반 파이프라인을 제공합니다. immundata를 활용하여 시스템 메모리보다 큰 데이터셋을 처리할 수 있으며, 동일한 코드로 로컬 머신 또는 서버에서 실행할 수 있습니다. 이 툴킷은 다양성 분석, 클론성 분석, 공개 수용체 지수 도구를 포함하며, 다른 AIRR 도구와의 상호 운용을 위한 확장 API와 어댑터도 제공합니다.

대상 사용자

T세포 및 B세포 면역 아레이를 분석하여 바이오마커를 발견하고 개인 맞춤 의료 치료를 설계하는 생물정보학 연구자 및 임상의를 위한 것입니다.

주요 특징

• 다중 모달 프로파일링: 단세포, 공간, 면역원성 어노테이션을 통합합니다.
• 확장성: 코드 변경 없이 기가바이트에서 테라바이트 규모의 데이터셋을 처리할 수 있습니다.
• ML 준비: 후속 기계학습 및 딥러닝 모델용 특징 테이블을 생성합니다.
• 포괄적인 통계: 유전자 사용률, 다양성(Pielou, Shannon, Chao1), 클론성(prop)을 위한 내장 함수 제공.