HannesStark/boltzgen

해결 과제

BoltzGen은 특정 타겟(다른 단백질이나 소분자 포함)에 대해 고품질 결합제(단백질, 펩타이드, 항체, 나노바디)를 생성하는 단백질 설계 파이프라인입니다. 타겟 구조에 높은 친화력과 안정성으로 결합할 수 있는 새로운 아미노산 서열을 생성하는 과정을 자동화합니다.

작동 방식

BoltzGen은 타겟 사양에서 순위가 매겨진 후보 설계 세트로 이동하기 위해 다단계 파이프라인을 사용합니다:

1. 설계 (Design): 확산 모델이 YAML 설계 사양을 기반으로 백본 후보를 생성합니다.
2. 역폴딩 (Inverse Folding): SolubleMPNN 또는 BoltzIF와 같은 모델을 사용하여 서열 재설계를 수행하고 해당 백본에 가장 적합한 아미노산 서열을 결정합니다.
3. 폴딩 (Folding): 설계된 결합제를 Boltz-2 모델을 사용하여 타겟과 함께 다시 폴딩하여 구조적 안정성을 검증합니다.
4. 분석 및 필터링 (Analysis & Filtering): 파이프라인이 품질 지표를 계산하고 설계를 필터링하여 최종적으로 다양성이 최적화된 순위 후보 세트를 제공합니다.

대상 사용자

계산 생물학자, 단백질 엔지니어, 그리고 신약 개발이나 합성 생물학 분야에서 특정 생물학적 타겟에 대한 새로운 결합제를 생성해야 하는 연구자를 위해 설계되었습니다.

주요 특징

• 다양한 프로토콜: 단백질, 고리형 펩타이드, 항체, 나노바디 및 소분자 결합제를 위한 전용 워크플로우.
• 유연한 사양: 타겟 체인, 특정 결합 부위, 이차 구조 제약 및 이황화 결합에 대한 상세한 YAML 구성 지원.
• 대칭성 지원: 호모다이머와 같은 대칭 복합체에 대한 서열 생성을 연결하는 기능.
• 통합 검증: 백본 생성, 서열 재설계 및 재폴딩을 단일 실행 가능한 파이프라인으로 통합.
• 사용자 정의 필터링: 사용자가 서로 다른 임계값으로 필터링 단계를 빠르게 다시 실행하여 최종 설계 세트를 정교화할 수 있음.