GPTomics/bioSkills

bioSkills – 생물정보학을 위한 AI 에이전트 "스킬"

무엇인가요 – bioSkills는 대규모 언어 모델 기반 코드 에이전트(Claude Code, OpenAI Codex, Google Gemini/Antigravity, OpenCode, OpenClaw)가 정확하고 자연스러운 생물정보학 스크립트를 작성할 수 있도록 가르치는, 엄선된 "스킬"(코드 스니펫, 최선의 실천 템플릿, 사용 가이드) 라이브러리입니다. 각 스킬은 구체적인 작업을 다룹니다. 예를 들어 FASTA 읽기, 변이 호출 파이프라인 실행, 싱글셀 차이 발현 분석 등이며, 선호하는 도구, 명령줄 플래그, 예제 코드를 함께 제공합니다.

왜 중요한가요 – 현대의 LLM 기반 코드 어시스턴트는 코드를 생성할 수 있지만, 도메인 특화된 세부 사항(파일 형식, 도구 버전, 통계적 관례)을 놓치는 경우가 많습니다. bioSkills를 에이전트에 로드하면, 모델은 계산 생물학 워크플로우에 대한 코드 제안의 정확성과 재현 가능성을 높이는 즉시 사용 가능한 지식 기반을 갖게 됩니다.

주요 콘텐츠

41개의 스킬 카테고리 – 저수준의 시퀀스 I/O부터 고수준의 다오믹스 통합, 케모인포매틱스, 리퀴드 바이오피, 워크플로우 관리까지 포함됩니다.
도구 커버리지 – 가장 널리 사용되는 Python, R/Bioconductor, CLI 유틸리티(예: Biopython, samtools, DESeq2, Seurat, GATK, AlphaFold, RDKit, Snakemake, Nextflow 등)를 포함합니다.
예제 및 참고자료 – 각 스킬은 실행 가능한 스크립트가 포함된 examples/ 폴더와 각 명령줄 옵션의 근거를 설명하는 usage-guide.md를 제공합니다.
평가 – 리포지토리에 링크된 벤치마크 보고서는 Bio-Task Bench 데이터셋에서 스킬의 영향을 보여주며, 성능 플롯도 포함되어 있습니다.

설치 – 리포지토리는 각 지원되는 LLM 플랫폼용 가벼운 래퍼 스크립트를 제공합니다. 예를 들어, Claude Code에 전역적으로 스킬을 설치하려면:

git clone https://github.com/GPTomics/bioSkills.git
cd bioSkills
./install-claude.sh          # 전역 설치
# 또는 특정 프로젝트에 설치
./install-claude.sh --project /path/to/my/project
# 싱글셀 및 변이 호출 카테고리만 설치
./install-claude.sh --categories "single-cell,variant-calling"

유사한 install-codex.sh, install-antigravity.sh, install-opencode.sh, install-openclaw.sh 스크립트도 존재하며, 모두 --list, --validate, --update, --dry-run, --uninstall 플래그를 지원합니다.

사용 방법 – 설치 후 에이전트의 스킬 디렉터리(예: ~/.claude/skills/ 또는 ~/.agents/skills/)에는 다음과 같은 계층 구조가 포함됩니다:

sequence-io/
  read_fasta.py
  write_fastq.py
  usage-guide.md
variant-calling/
  germline_gatk.py
  sv_manta.py
  usage-guide.md
…

LLM에 "BAM 파일에서 체세포 SNP를 호출하는 파이프라인을 작성해"라고 프롬프트하면, 모델은 germline_gatk.py 템플릿을 가져와 경로를 조정하고, 최선의 실천 플래그(리드 그룹, VQSR 등)를 준수하는 실행 가능한 스크립트를 생성할 수 있습니다. R 기반 작업에도 동일하게 적용 가능합니다. 예를 들어 Seurat을 사용한 싱글셀 클러스터링 스킬은 적절한 QC 임계값을 포함한 재현 가능한 R 스크립트를 반환합니다.

의존성 – README에는 필요한 Python 패키지, R/Bioconductor 라이브러리, 시스템 도구(samtools, bcftools, blast, minimap2 등)가 목록으로 나와 있습니다. 설치 스크립트는 이러한 외부 도구를 설치하지 않습니다. 사용자는 미리 pip, conda, brew, apt 등을 통해 만족시켜야 합니다.

상태 – 리포지토리는 아카이브됨(추가 업데이트 없음)이지만, 구조는 여전히 유효합니다. 저자들은 사용자가 리포지토리를 포크하여 자신의 도메인에 맞게 스킬 세트를 커스터마이즈하거나 확장할 것을 권장합니다.

TL;DR – bioSkills는 게놈학, 프로테오믹스, 케모인포매틱스의 광범위한 작업에서 정확하고 재현 가능한 분석 스크립트를 생성할 수 있도록, 도메인 특화된 생물정보학 전문 지식을 사전 패키지화한 포괄적인 지식 기반입니다.

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bioSkills – 생물정보학을 위한 AI 에이전트 "스킬"

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