EddyRivasLab/hmmer
HMMER: biological sequence analysis using profile HMMs
해결하는 문제
단일 서열 또는 다중 서열 정렬을 쿼리로 사용하여 생물학적 서열 데이터베이스에서 유사 서열을 검색할 수 있는 방법을 제공합니다.
작동 방식
이 검색을 수행하기 위해 "프로파일 숨겨진 마르코프 모델"(profile HMM) 이라는 기술을 구현합니다.
대상 사용자
단백질 가족 도메인 데이터베이스 및 대규모 어노테이션 파이프라인 개발에 종사하는 연구자 및 개발자에게 적합합니다.
주요 특징
- 프로파일 숨겨진 마르코프 모델 (profile HMM) 사용.
- 단일 서열 또는 다중 서열 정렬 기반 쿼리 지원.
- 여러 단백질 가족 도메인 데이터베이스 및 InterPro 컨소시엄에 통합되어 있습니다.
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