welch-lab/liger

何を解決するか

LIGERは、実験バッチ、個体、性別、組織、種、またはモダリティ（RNA-seq、ATAC-seq、DNAメチル化など）の違いがある複数の単細胞データセットを統合・分析する課題に対処します。

動作方法

このプロジェクトは、統合的非負値行列分解（iNMF）を使用して、異なるデータソース間で共有される因子とデータセット固有の因子を同定します。Consensus iNMFによる高信頼性の結果と、バッチ効果の除去と生物学的情報を保存するための重心整合法といった特別な手法を含んでいます。

対象ユーザー

単細胞マルチオミクス統合と解析を行い、さまざまな生物学的データセット間で細胞型を定義し、特徴を比較したい研究者向けに設計されています。

主な特徴

• 異なるモダリティ（scRNAseq、空間トランスクリプトミクス、scMethylation、scATAC-seq）間の統合をサポート。
• 異種間解析（例：マウスとヒト）を可能に。
• t-SNEおよびUMAPを用いたクラスタリング、遺伝子マーカーの同定、可視化ツールを提供。
• Seuratなどの既存の単細胞解析パッケージと連携可能。