wasserth/TotalSegmentator

解決する問題

放射線科医や研究者は、CT および MRI スキャン内の臓器、骨、血管、その他の構造を手動でトレースするのに多くの時間を費やしています。TotalSegmentator はこのステップを自動化します：スキャンを入力すると、幅広い解剖学的クラスのラベル付きセグメンテーション（3D マスク）を出力し、数時間の作業を節約し、臓器体積や血管径などの測定を迅速かつ再現可能にします。

仕組み

TotalSegmentator は、異なるスキャナーや病院からの大規模で多様な CT および MR 画像でトレーニングされた深層ニューラルネットワーク（具体的には nnU-Net フレームワークに基づく）を使用します。コマンドラインツールとして実行します：入力スキャン（NIfTI ファイル、または DICOM スライスのフォルダ/ZIP）と出力フォルダを指定すると、セグメンテーションされた構造ごとに 1 つの NIfTI ファイル（または必要に応じて単一のラベルファイル）を書き出します。複数のタスク固有モデルをサポートしています：デフォルトの 'total' タスクは CT の 117 クラスをカバーし、'total_mr' は MR の 50 クラスをカバーします。また、特定の解剖学的構造（例：肺血管、椎骨、肝臓セグメント、歯、脳構造）向けの多くのサブタスクや、高速モード（低解像度、高速）、ROI サブセット選択（選択したクラスのみセグメンテーション）、統計生成（体積、平均強度、ラジオミクス特徴）、さらにはスキャンからの身長、体重、年齢、性別の予測などのオプション機能もあります。

対象ユーザー

このツールは、医用 CT または MR 画像を扱うすべての人を対象としています：放射線科医、臨床研究者、医学物理スタッフ、または医用画像パイプラインを構築するソフトウェア開発者。Ubuntu、Mac、Windows で動作し、CPU または GPU で実行できます。多くのタスクで Apache-2.0 ライセンスの下で学術および非商用利用に無料です（一部の高度なタスクは別途ライセンスが必要ですが、無料の学術ライセンスが利用可能です）。注意：著者は、これは医療機器ではなく、単独で臨床使用を意図していないと述べていますが、FDA 承認済みのいくつかの製品のコンポーネントとして認定されています。

ハイライト

• デフォルトモデルで CT の 117 の解剖学的クラスと MR の 50 をセグメンテーション
• 数十の専門サブタスク：肺血管、椎骨、肝臓セグメント、歯、脳構造、冠状動脈など
• 構造ごとの NIfTI マスク、または単一のラベルマップ、DICOM-SEG、DICOM RTSTRUCT を出力
• 統計（体積、強度、ラジオミクス）と 3D プレビュー画像を生成
• 精度と速度をトレードオフする高速モードと ROI サブセットオプション
• オンラインまたは totalseg_info を介して利用可能な構造とタスクを検索するツールを含む