pinellolab/DNA-Diffusion

What it solves

DNA-Diffusionは、特定の細胞型に特異的な合成調控DNA配列を生成する方法を提供します。これにより、研究者は特定の生物学的文脈における実際の調控領域の特性を模倣する人工DNA要素を人工的に作成することができます。

How it works

このプロジェクトは、拡散確率モデルを使用して、調控DNA配列の分布を学習します。染色質クロマチンアクセシビリティ領域（DHS Index データセットなど）のデータセットで学習されており、 дифーション (diffusion) 条件付きで離散的な細胞型ラベルを使用して、新しい 200bp の合成配列を生成することができます。

Highlights

• Cell-type specific generation: 特定の細胞型（例：K562, HepG2）に合わせてカスタマイズされた配列を生成できます。
• Customizable data: ユーザーが提供するタブ区切りDNA配列データセットでの学習をサポートしています。
• Flexible sampling: 生成プロセスを調整するためのガイダンススケールパラメータが含まれています。
• Pre-trained models: Hugging Face を通じてモデルチェックポイントを提供し、即座に配列生成が可能です。