openslide/openslide-python

解決する問題

デジタル病理学で使用される全スライド画像（仮想スライド）は非常に大きく、非圧縮で数十ギガバイトになることが多く、通常は複数の解像度で保存されます。標準的な画像ツールやライブラリは、画像全体がメモリに収まることを前提としているため、これらのファイルを処理できません。OpenSlide Python は、画像全体をロードせずに、必要な画像データの小さな部分を、目的のズームレベルに最も近い解像度で読み取る簡単な方法を提供します。

仕組み

OpenSlide Python は、OpenSlide C ライブラリへの Python インターフェースです。C ライブラリは、さまざまな全スライド形式のコアな読み取りおよびデコードロジックを提供します。Python ラッパーは、この機能をクリーンな API を通じて公開し、Python コードで直接使用できます。使用するには、openslide-python パッケージ（Python インターフェース）と openslide-bin（基盤となる OpenSlide ライブラリとその依存関係をバンドル）の両方をインストールする必要があります。インストールすると、サポートされているスライドファイルを開き、さまざまなズームレベルでタイルや領域にアクセスできます。

対象読者

このライブラリは、デジタル病理画像を扱う開発者や研究者を対象としています。たとえば、全スライドスキャンを表示、分析、または処理するツールを構築する場合などです。特に、Python で大規模なマルチ解像度スライドファイルをプログラムで読み取る必要があり、低レベルの C コードを記述したくない人に役立ちます。

ハイライト

• Aperio (.svs)、Hamamatsu (.ndpi)、Leica (.scn)、Philips (.tiff)、汎用タイル TIFF など、幅広い全スライド形式をサポート。
• マルチ解像度、マルチギガバイト画像の複雑さを抽象化するシンプルな Python API を提供。
• 目的のズームレベルに最も近い解像度で小さな領域を読み取ることができるため、ファイル全体をメモリにロードする必要がありません。
• Python ≥ 3.10、OpenSlide ≥ 3.4.0、Pillow のみが必要で、PyPI から簡単にインストールできます。