oncologylab/histopia

何を解決するか

Histopia は、組織学画像を分析するためのツールキットであり、特に組織の空間的構造に焦点を当てています。複数の連続断面組織の整合、染色の定量、2D画像から3D空間的トポロジーの再構成という問題に対処します。

どう動くか

このプロジェクトは、さまざまな分析タスク向けのモジュール式ワークフローを提供します。組織マスク作成および連続断面の整合に登録ツールを使用し、染色の定量および細胞セグメンテーションに特化したツールを活用し、タンパク質発現モデルでタンパク質予測を行います。また、組織領域の意味的アトラスを作成するために組織学的埋め込みを生成します。

対象ユーザー

組織学スライドを処理し、空間オミクスプロファイリングおよび断面間の整合を実施する必要がある病態学および腫瘍学の研究者。

主な特徴

• 連続断面の整合: 複数の組織断面を整合して一貫した空間的ビューを構築するためのツール。
• タンパク質予測: 組織学画像からタンパク質発現を予測するモデル。
• タンパク質の可視化: 細胞単位のタンパク質アトラスを作成できる機能。
• 意味的アトラス: 組織領域を識別するための組織学的埋め込みの生成。
• 細胞セグメンテーション: 細胞境界の定義およびセグメンテーション結果のマージを可能にするツール。