oncologylab/histopia

何を解決するか

Histopiaは連続断面ヒストロジーおよびプロテオミクス画像の解析の複雑さに対処します。複数の組織断面を整列させ、それらの断面にわたる形態をセグメンテーションし、3Dで組織を再構成することで、空間的トポロジーとオミクスプロファイリングを理解するためのツールを提供します。

動作方法

このソフトウェアは、組織解析のためのマルチステージパイプラインを実装しています：

• 登録（Registration）： ハイブリッドアフィン整列、グループ認識型組織マスク、品質管理（QC）チェックを使用して連続断面を整列します。
• 意味的アトラス（Semantic Atlas）： UNI2-hの形態領域を使用して、形態をグローバルに適合させ、断面間のトポロジーを評価します。
• 意味的トポロジー（Semantic Topology）： 組織エンベロープと意味的表面を作成し、明示的な物理的z間隔を持つ連結ボリューム再構成を構築します。
• 染色プロファイリング（Stain Profiling）： H-DAB、シリウスレッド、PASなど、さまざまな染色の相対光学密度を背景補正とともに計算します。
• 可視化（Visualization）： ROIプローブとネイティブ解像度ビューをリンクした、ヒストロジーおよび染色スタックのインタラクティブ3Dビューアを提供します。
• QuPath統合（QuPath Integration）： GeoJSON領域とネイティブWSI座標を使用して、QuPathから登録および意味的ジョブを直接起動する拡張機能を提供します。

対象ユーザー

連続断面ヒストロジーおよびプロテオミクス画像を扱う計算研究者で、3D組織構造の再構成と定量的染色解析が必要な方々に設計されています。

主な特徴

• インタラクティブ3D再構成： ヒストロジー、意味的、染色スタックを3Dで可視化します。
• ハードウェアアクセラレーション： 特徴抽出にCPU、CUDA、MPSをサポートします。
• キャッシュと整合性： チェックサム付きキャッシュとフィンガープリントを使用して、マスクや幾何学の変更が影響を受ける結果を無効化することを保証します。
• QuPath拡張機能： 人気のあるオープンソースバイオイメージ解析ソフトウェアQuPathとシームレスに統合されています。