immunomind/immunarch

何を解決するか

immunarch は適応免疫受容体アレイ（AIRR）データを分析するためのツールキットです。単細胞V(D)J、空間トランスクリプトミクス、臨床メタデータなどの大規模で多様な免疫プロファイリングデータを処理する課題に対処し、個別化された免疫療法やワクチンのための有意義な生物学的知見やバイオマーカーを抽出します。

動作方法

このパッケージは、受容体レベルおよびアレイレベルの統計を計算するモジュール式のRベースのパイプラインを提供します。immundata を活用することで、システムメモリを超えるデータセットを扱うことができ、同じコードをローカルマシンやサーバーで実行可能です。このツールキットには、多様性分析、クローン性分析、パブリック受容体インデックスのためのツールが含まれており、他のAIRRツールと連携するための拡張APIとアダプタも提供しています。

対象ユーザー

T細胞およびB細胞の免疫アレイを分析してバイオマーカーを発見し、個別化医療治療を設計するバイオインフォマティクス研究者や臨床医向けに設計されています。

主な特徴

• 多様なプロファイリング: 単細胞、空間、および免疫原性アノテーションを統合。
• スケーラビリティ: ギガバイトからテラバイトのデータセットを扱い、サーバー移行時にコードの変更が不要。
• ML対応: 後続の機械学習およびディープラーニングモデル用の特徴テーブルを構築。
• 包括的な統計: ゲノム使用率、多様性（Pielou、Shannon、Chao1）、クローン性（prop）のための組み込み関数。