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micro‑sam – マイクロスコピー用のSegment Anything

何であるか – micro_sam はオープンソースのPythonライブラリであり、napariプラグインのセットでもある。MetaのSegment Anything Model (SAM) を生物学的マイクロスコピーに適用する。研究者は2Dおよび3Dのマイクロスコピー画像（例：細胞、ミトコンドリア）を、わずか数クリックでインタラクティブにセグメンテーション可能であり、時間経過にわたるオブジェクトのトラッキングも可能。

なぜ重要か – マイクロスコピーのデータはしばしば大規模かつ多様であり、手動でのアノテーションは煩雑である。SAMのファウンデーションモデルとマイクロスコピー専用に微調整された重みを活用することで、micro_sam は大規模なトレーニングデータなしで高速かつ高品質なマスクを提供する。

コア機能

機能	得られるもの
インタラクティブ2‑Dセグメンテーション	napari内でポイント、ボックス、ブラシによるプロンプトをクリックして、即座に細胞レベルのマスクを取得。
インタラクティブ3‑Dセグメンテーション	ボリュームスタック（例：電子顕微鏡）に対応した同じプロンプトワークフロー。
インタラクティブトラッキング	各フレームをセグメンテーションした後、プラグインが時間軸に跨ってマスクをリンクし、細胞のトラッキングラインレージを生成。
マイクロスコピー専用に微調整されたモデル	蛍光、明視野、EMなどに適応した事前学習済みSAM重み。リソースが限られた環境向けにtiny‑ViTモデルも含む。
自動プロンプト生成（APG）	オプションモジュールで、完全自動セグメンテーション用のプロンプトを自動提案。
パラメータ効率の良い微調整（PEFT‑SAM）	最小限のGPUメモリでSAMを新しいマイクロスコピーモダリティに適応するためのツール。
他のツールとの統合	napari、WebKnossos、QuPathと互換性あり。スクリプトやノートブックから呼び出し可能。

はじめ方

インストール – PyPI、conda‑forge、およびnapariプラグインとして利用可能：
```
pip install micro_sam   # または
conda install -c conda-forge micro_sam
```
起動 – napariを開き、micro‑sam プラグインを追加（例：Plugins → micro‑sam → Interactive 2‑D Segmentation）。
使用方法 – 画像スタックを読み込み、いくつかのプロンプトを配置し、Run を押してマスクを取得。トラッキングを行うには、各フレームのセグメンテーション後にトラッキングウィジェットを実行。
詳細情報 – READMEから、完全なドキュメント、クイックスタート動画、YouTubeチュートリアルシリーズへのリンクあり。

どの人向けか？

細胞生物学、神経生物学、EM専門家：細胞、オルガネラ、または細胞小器官の高速かつ再現性の高いセグメンテーションが必要な人。
画像解析コア施設：既存のnapariワークフローと統合可能な即時利用型ソリューションを探している人。
開発者：SAMを新しいマイクロスコピーモダリティに拡張したり、カスタム微調整パイプラインを構築したい人。

コントリビュートの方法

本プロジェクトはドキュメントの編集、バグ修正、新機能の追加を歓迎します。貢献する前にまずIssueを開き、CONTRIBUTING.md のガイドラインに従ってください。すべての参加者にはコードオブコンダクトが適用されます。

研究の引用

micro_sam を出版物で使用する場合、付随するNature Methods論文、オリジナルのSAM論文、および使用した特殊なコンポーネント（Mobile‑SAM、Trackastra、APGなど）を引用してください。ソフトウェア自体のDOIは https://doi.org/10.5281/zenodo.7919746 です。