SpikeInterface/spikeinterface

何を解決するか

SpikeInterfaceは、スパイクソーティング（外部電気生理学記録から個々の神経アクションポテンシャル（スパイク）を識別・分離するプロセス）のための統合型Pythonフレームワークです。研究者が互換性のない異なるスパイクソーティングツールやファイル形式を手動で切り替える必要がなくなります。

どう動くか

既存のスパイクソーティング技術やアルゴリズムを1つのコードベースにラップする包括的なインターフェースとして機能します。ユーザーはさまざまな外部記録ファイル形式を読み書きでき、記録データの前処理を行い、Kilosort、MountainSort、およびLupinなどの自社開発ツールを含む複数の人気ソーターを一貫したAPIで実行できます。このフレームワークには、後処理、品質指標の計算、ベンチマーク、モーション/ドリフト補正のツールも含まれています。

対象ユーザー

外部電気生理学データを扱い、さまざまなアルゴリズムやツールを使って神経スパイクデータを処理・ソーティング・キュレーションする神経科学者や研究者。

主な特徴

• 統合API: 1つの場所から複数の準自動スパイクソーターと自社開発アルゴリズムにアクセス可能。
• コンテナ化実行: DockerまたはSingularity経由で人気ソーターを実行可能。ローカルインストール不要。
• 包括的なパイプライン: ロウファイルの読み込み・前処理から後処理・キュレーションまで、ワークフロー全体をカバー。
• 検証ツール: ソーティング出力の検証に使える品質指標とベンチマーク機能を備える。
• 柔軟なキュレーション: MLベース、指標ベース、手動のキュレーション戦略をサポート。