Runchuan-BU/BioClaw

解決する課題

BioClawは、バイオインフォマティクス研究のための会話型インターフェースを提供し、研究者がコマンドラインツール、可視化ソフトウェア、データベース、文献検索エンジンの間を頻繁に切り替える必要がなくなるようにします。計算生物学の機能をWhatsApp、WeChat、Discordなどの一般的なメッセージングアプリに直接統合し、チャットインターフェースから複雑な解析を実行できるようにします。

動作方法

NanoClawのコンテナベースのエージェントアーキテクチャとSTELLAフレームワークに基づき、Node.jsオーケストレーターが各会話グループ用の個別のDockerコンテナを管理します。これらのコンテナには、BLAST+、SAMtools、BWA、PyMOLなどの包括的なバイオインフォマティクスツールボックスと、BioPythonやpandasなどのPythonライブラリが事前にインストールされています。システムはLLM（Claude Agent SDKまたはOpenRouter経由）によって駆動され、自然言語のリクエストをツールの実行に変換します。また、「スキルハブ」という機能により、エージェントがコミュニティリポジトリから専門的なスキルを動的に取得・実行できるようになっています。

対象ユーザー

コマンドラインの高度な知識や環境の切り替えなしに、データ解析、配列検索、文献マイニングをスムーズに行いたいバイオインフォマティクス研究者やウェットラボの科学者。

特徴

• マルチチャネル統合: WhatsApp、WeChat、Feishu/Lark、Discord、Slack、QQ、およびローカルWeb UIをサポート。
• 包括的なツールセット: シーケンス解析（BLAST、BWA）、品質管理（FastQC）、構造生物学（PyMOL）、データ可視化（ボルカノプロット、ヒートマップ）に対応。
• 動的スキル取得: ビルトイン機能を超えるタスクを処理するために、外部のスキルハブから専門スキルを自動取得可能。
• チャットネイティブコントロール: ウォークスペース管理、スレッドメモリ、チャットから直接ホスト側SSH実行までを内蔵コマンドでサポート。
• ウェットラボの解釈: アップロードされたゲル/ブロット画像を分析し、ランの品質やターゲットバンドを評価可能。