HannesStark/boltzgen

解決する課題

BoltzGenは、特定のターゲット（他のタンパク質や小分子を含む）に対して高品質な結合剤（タンパク質、ペプチド、抗体、ナノボディ）を生成するタンパク質設計パイプラインです。ターゲット構造に対して高い親和性と安定性で結合できる新しいアミノ酸配列を作成するプロセスを自動化します。

仕組み

BoltzGenは、ターゲットの仕様からランク付けされた候補設計セットに至るまで、多段階のパイプラインを使用します：

1. 設計 (Design)：拡散モデルがYAML設計仕様に基づいてバックボーン候補を生成します。
2. 逆折り畳み (Inverse Folding)：SolubleMPNNやBoltzIFなどのモデルを使用して配列の再設計を行い、それらのバックボーンに最適なアミノ酸配列を決定します。
3. 折り畳み (Folding)：設計された結合剤をBoltz-2モデルでターゲットと共に再折り畳みし、構造的安定性を検証します。
4. 分析とフィルタリング (Analysis & Filtering)：パイプラインが品質指標を計算し、設計をフィルタリングして、最終的な多様性が最適化されたランク付け候補セットを提供します。

対象ユーザー

計算生物学者、タンパク質エンジニア、および創薬や合成生物学の分野で特定の生物学的ターゲットに対する新規結合剤を生成する必要がある研究者向けに設計されています。

特徴

• 多用途なプロトコル：タンパク質、環状ペプチド、抗体、ナノボディ、および小分子結合剤のための専用ワークフロー。
• 柔軟な仕様：ターゲット鎖、特定の結合部位、二次構造の制約、ジスルフィド結合に関する詳細なYAML設定をサポート。
• 対称性のサポート：ホモ二量体のような対称性複合体の配列生成を連携させる機能。
• 統合された検証：バックボーン生成、配列再設計、再折り畳みを単一の実行可能なパイプラインに統合。
• カスタマイズ可能なフィルタリング：ユーザーが異なる閾値でフィルタリングステップを素早く再実行し、最終的な設計セットを洗練させることが可能。